Святые горы представляют собой меловые выступления, которые известны с 1526 года. Однако первые поселения здесь появились еще во времена Киевской Руси, а первым пещерам уже более 1000 лет. В разные периоды это место служило укрытием, то от иконоборцев, то от монголо-татар, а в 16-17 веках сюда переселялись монахи из Почаевской лавры, захваченной униатами. Более двух веков – с середины 16-го века до 1788 года – монастырь служил местом дислокации воинской стражи Московского царства. Религиозное значение Святые горы вернули только в 1844 году.
Впоследствии здесь построили Успенский собор и Покровскую церковь с колокольней, ризницей, библиотекой и архивом. В советское время комплекс монастыря переоборудовали под дом отдыха с кинотеатром в Успенском соборе. Лишь в 1980 году памятник признали Государственным историко-архитектурным заповедником, а в 2004 году предоставили статус лавры.
Сегодня в комплекс лавры входят:
- Успенский собор;
- Покровский храм;
- Николаевский храм на Святой Скалы;
- Пещерная церковь Рождества Иоанна Предтечи - первая церковь монастыря, первоначально называлась - Успенской. От нее начинаются коридоры тротуаров и келий, ведущих трапезной и верхнего уровня пещер;
- Пещерный храм Преподобного Алексия, человека Божия;
- Пещерный храм Преподобных Антония и Феодосия Печерских;
- Церковь Рождества Пресвятой Богородицы;
- Храм Святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии;
- Комплекс Ближних и Дальних пещер.