Национальный заповедник «Глухов» образован и функционирует в соответствии с постановлением КМУ от 8 февраля 1994 № 80 «О Государственном историко-культурный заповедник в Глухове Сумской области» и постановления КМУ от 2 октября 1998
№ 1576 на базе памятников архитектуры, истории и культуры Глухова. Распоряжением КМУ от 26 апреля 2007 № 233 «Об отнесении к сфере управления Министерства регионального развития и строительства предприятий, учреждений и организаций» заповедник отнесен к сфере управления Минрегионстроя Украины. В соответствии с Указом Президента Украины от 10 ноября 2008 № 1027/2008 заведение получило статус национального. Распоряжением городского головы от 18.08.2009 г.. Коллектив НЗ «Глухов» внесены в Книгу Почета Глуховского городского совета.
Заповедник охватывает территорию 75 га центральной исторической части и участки природного ландшафта Глухова. Он осуществляет надзор за 50 объектами культурного наследия, расположенными на его территории и в охранных зонах, 37 из которых являются памятниками истории, архитектуры и градостроительства, археологии. 7 памятников ( «Николаевская церковь» (1693-1695), «Киевские ворота Глуховской крепости» (1766-1769), «Спасо-Преображенская церковь» (1765), «Три-Анастасьевская церковь» (1893), «Глуховский учительский институт »(1874-1879),« Глуховская мужская гимназия »(1880-е),« Гостевой Глуховской мужской гимназии »(1880-1892) занесены в Государственный реестр недвижимых памятников как памятника национального значения, 30 памятников – местного значения.
На балансе заповедника находится 5 памятников архитектуры: «Дворянское собрание» (1811), «Дом П.Лютого» (кон. XIX в.), «Банк Терещенко» (кон XIX в.), «Киевские ворота Глуховской крепости »(1766-1769),« Усадебный дом Кочубеев »(1904). В его состав входит музей археологии, созданный в 2008
В структуре заповедника 5 отделов с 27 штатных единиц: 7 чел. – руководящий персонал, 8 – специалисты в области заповедников, 5 – специалисты общих профессий, 7 – другой персонал. Имеют высшее образование 21 чел., Занимаются научной и просветительской деятельностью 11 чел.
Основными направлениями деятельности заповедника является осуществление мероприятий по охране и сохранению объектов культурного наследия, обеспечения надлежащего использования памятников градостроительства и архитектуры, реставрация памятников, регенерация архитектурной среды, научно-исследовательской, научно-методической, информационной, культурно-просветительской работы.